El objetivo fundamental del centro es el desarrollo de investigaciones sobre aspectos químicos y estructurales de los hidratos de carbono y sobre la participación de los mismos en procesos biológicos.

Algunos objetivos institucionales son:

• Reafirmar la trascendencia nacional e internacional de la unidad como centro especializado en diversos aspectos de la química y bioquímica de los hidratos de carbono.
• Mantener, y en lo posible incrementar, los recursos humanos para la investigación científica en la unidad. Optimizar el uso de equipos comunes y el mantenimiento de los mismos.
• Difundir los resultados mediante publicaciones científicas, conferencias y congresos.
• Transferir conocimiento y tecnología generados en la unidad ejecutora a ámbitos académicos y productivos (nacionales o privados).
• Mantener y ampliar la bibliografía especializada en hidratos de carbono, que en este momento es la más completa del país.